北京基因组所(国家生物信息中心)建设基于诱导多醒目细胞手艺的单细胞突变图谱剖析战略
克日,兴发娱乐(国家生物信息中心)蔡军研究组与王前飞研究组相助在学术期刊Computational and Structural Biotechnology Journal揭晓题为A promising iPS-based single-cell cloning strategy revealing signatures of somatic mutations in heterogeneous normal cells的论文,该研究通过设计细胞作育实验和基因组较量剖析要领,展现了诱导多醒目细胞(iPSCs)的单细胞起源和基因组变异的泉源组成,构建了单细胞突变图谱剖析战略。
为了准确检测低频的体细胞突变,好比正常细胞群体中的体细胞突变,目今已经有研究开发了MDA、MALBAC、 LIANTI等单细胞直接测序手艺,但由于单个细胞的DNA含量很是少,这些要领保存扩增不均一、等位基因丧失等问题。单细胞体外作育扩增手艺可通过体外作育将单个细胞作育成细胞株然后举行测序,通过识别细胞株中细胞群体的高频率突变来间接视察单个细胞基因组的体细胞突变情形。该手艺基因组笼罩度高、扩增过失少,但只适用于个体类型的干细胞;诖,团结实验设计和基因组较量剖析要领,研究职员剖析了诱导多醒目细胞基因组变异泉源的组成,证实晰诱导多醒目细胞的单个体细胞起源,以及单个体细胞与所形成的诱导多醒目细胞在全基因组变异图谱上凌驾90%的相似性,并进一步提出了基于诱导多醒目细胞手艺实现细胞克隆扩增的单细胞基因组变异剖析的新战略,该战略可用于剖析体细胞的基因组变异和谱系演化关系。
兴发娱乐(国家生物信息中心)蔡军研究员与王前飞研究员为本文的配合通讯作者。兴发娱乐(国家生物信息中心)苗雪霞博士和李玥莹博士为配合第一作者。该研究获得了国家重点研发妄想、国家自然科学基金、兴发娱乐战略性先导科技专项等基金资助。
诱导多醒目细胞基因组变异泉源组成的剖析战略和克隆扩增模子
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